La idea de formar el equipo surgió en 1996 entre los jóvenes vecinos de las casas bajas (situadas en la entrada de Armentia por la N-1 ). Rápidamente la idea fue bien acogida por la asociación cultural Suisaco , que subvenciona y da nombre al equipo. En su primer año casi la totalidad de la plantilla era de Armentia o familiares cercanos de residentes. Fue un año duro en 3º Regional, en el que costó hacerse al fútbol-sala, ya que la mayoría de los integrantes venían de jugar a fútbol, a otro deporte e incluso nunca antes lo habían practicado de manera aficionada. Ese año el equipo fue de menos a más, haciendo al final un digno papel.

Al año siguiente, el equipo sufrió varios cambios. Algunos integrantes dejaron el equipo y llegaron a él nuevos componentes. Todos los nuevos fichajes que realizó el Suisaco , eran amigos, familiares o conocidos del resto de integrantes del equipo, con lo que siempre había buen ambiente en el equipo. Esta se convirtió en la forma de realizar los fichajes del equipo, para intentar mantener siempre un buen ambiente dentro del vestuario y pasar un buen rato practicando el deporte favorito.

En su 2ª temporada en 3ª Regional , en la temporada 97/98 se logró el primer ascenso. Al año siguiente en la temporada 98/99 en 2ª Regional se volvía a lograr el ascenso. Ya en 1ª Regional , el primer año no se logró el ascenso, pero si quedó en la parte alta de la clasificación. La temporada siguiente, la 00/01 se logra el ascenso a Liga de Honor , donde permanecería realizando buenas clasificaciones, exceptuando la temporada 05/06, donde el equipo  pasó su peor momento,  estando gran parte de la temporada en puestos de descenso, pero en un gran final de temporada salvó la categoría. Al año siguiente, el equipo hace una gran temporada y se proclama campeón  de Liga de Honor 06/07, consiguiendo también el ascenso a Liga Vasca .

La temporada 2007-2008 el equipo jugó en la categoría más alta de su historia, Liga Vasca, en la primera vuelta realizó un gran papel situándose en los primeros puestos y estando gran parte de la misma en puestos de ascenso a Primera Nacional B. Una segunda vuelta regular dejó al equipo finalmente en un meritorio noveno puesto, teniendo en cuenta que era su primera participación en esta competitiva Liga.

La temporada 2008-2009 fue sin duda la de la revolución, 8 jugadores dejaban el equipo por motivos personales o laborales, entre ellos Deju y Aitor que se encargaban hasta entonces de gestionar el equipo. La dirección cambiaba de manos y la composición de la plantilla fue muy diferente. No obstante se mantuvo el mismo clima de compañerismo y gracias a ello se consiguió mantener la categoría, no sin apuros hasta el final, ocupando el treceavo puesto.